【会计税务】个人所得税综合所得汇算清缴，有哪些常见问题？

Q1：个人在办理2025年综合所得个人所得税汇算清缴时退税申请不成功，提醒存在2024年度应补税未补税情况。以前年度的个人所得税汇算清缴也会影响本年度的个人所得税汇算清缴退税办理吗?

A1：会影响。

《个人所得税综合所得汇算清缴管理办法》(国家税务总局令第57号)第二十五条规定，申请汇算清缴退税及其他退税的纳税人，存在下列情形的，需在办理以前年度汇算清缴补税、更正申报或者提供资料后申请退税：

(一)未依法办理以前年度汇算清缴补税的；

(二)经税务机关通知以前年度汇算清缴存在疑点且未更正申报或提供资料的。

Q2：发现以前年度综合所得个人所得税汇算清缴遗漏退税，可以补申请么？

A2：可以，但有三年法定时效的限制。纳税人自结算缴纳税款之日（汇算清缴截止日）起三年内发现的，可以申请退税；超过三年的，税务机关不再受理退税申请。

例如：2025年度汇算清缴截止日为2026年6月30日，三年到期日为2029年6月30日，在此之前均可申请退税。

《中华人民共和国税收征收管理法》(中华人民共和国主席令第49号)第五十一条，“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还”。

Q3: 办理综合所得汇算清缴时，通过个人所得税APP查询到的收入与实际不符该如何处理？

A3：可以向税务机关申诉。

《个人所得税综合所得汇算清缴管理办法》(国家税务总局令第57号) 第十三条规定，纳税人对扣缴义务人申报的综合所得等信息有异议的，应当先行与扣缴义务人核实确认。确有错误且扣缴义务人拒不更正的，或者存在身份被冒用等情况无法与扣缴义务人取得联系的，纳税人可以通过个人所得税APP、自然人电子税务局网站等向税务机关发起申诉。

Q4：员工在个人所得税APP误操作点了申诉，是否可以进行撤销？

A4：在税务系统未反馈结果前可撤销。

纳税人发起“申诉”后，相应记录将进入税务系统内部异议申诉环节进行处理，在未反馈结果前可撤销，已反馈状态不能撤销。

Q5：公司因资金不足，本应在2025年12月对员工发放的工资，延后到2026年才发放，这笔补发工资是计入员工2026年度的综合所得，计算应缴纳的个人所得税吗?

A5：是的。

《个人所得税综合所得汇算清缴管理办法》(国家税务总局令第57号)第四条规定：纳税人按照实际取得综合所得的时间，确定综合所得所属纳税年度。